L’intestin, notre premier cerveau : quand nos émotions dictent la santé du microbiote
Longtemps considéré comme un simple organe de digestion, l’intestin est aujourd’hui reconnu comme un acteur central de notre santé physique et mentale. Les dernières recherches scientifiques bouleversent notre compréhension : l’intestin n’est pas notre « deuxième cerveau », mais bien le premier. Il influence notre humeur, nos émotions, et même notre prise de décision. À l’inverse, nos états émotionnels peuvent perturber son équilibre, déclenchant maux de ventre, dysbiose et troubles digestifs.
Dans cet article, découvrez comment les émotions façonnent votre microbiote, quels sont les mécanismes de la dysbiose. En tant que naturopathe à Mondavezan, je vous explique comment la naturopathie peut vous aider à restaurer cet équilibre vital.
En bref
- L’intestin abrite plus de 200 millions de neurones et communique en permanence avec le cerveau via le nerf vague, influençant directement nos émotions et notre humeur.
- Le microbiote intestinal produit des neurotransmetteurs clés comme la sérotonine et la dopamine, essentiels à notre bien-être mental.
- Le stress et les émotions fortes peuvent déséquilibrer cet écosystème, provoquant dysbiose, troubles digestifs et fatigue émotionnelle, d’où l’importance d’en prendre soin au quotidien.
L’intestin, un cerveau à part entière
Un réseau neuronal complexe

L’intestin abrite plus de 200 millions de neurones, formant le système nerveux entérique (SNE). Ce réseau est si autonome qu’il peut fonctionner indépendamment du cerveau central, d’où son surnom de « deuxième cerveau ». Pourtant, les découvertes récentes suggèrent qu’il est bien plus que cela : il communique en permanence avec le cerveau via le nerf vague, influençant nos émotions, notre mémoire et même notre comportement.
Une étude publiée dans Nature en 2023 a montré que 90 % des informations transitent de l’intestin vers le cerveau, et non l’inverse. Cela signifie que l’état de notre intestin peut directement moduler notre humeur, notre stress et notre résilience émotionnelle.
Le microbiote, chef d’orchestre de notre santé
Le microbiote intestinal, composé de 100 000 milliards de bactéries, joue un rôle clé dans cette communication. Il produit des neurotransmetteurs comme la sérotonine (95 % de la sérotonine est produite dans l’intestin !), la dopamine et le GABA, qui régulent notre bien-être émotionnel.
Lire aussi : Comprendre les 3 Phases d'altération du microbiote

Preuves scientifiques :
- Une étude de l’Université de Californie (2024) a démontré que les personnes souffrant de dépression présentaient un déséquilibre marqué du microbiote, avec une diminution des bactéries productrices de sérotonine.
- Des chercheurs de l’Institut Pasteur ont observé que des souris soumises à un stress chronique développaient une dysbiose intestinale, accompagnée de symptômes d’anxiété.
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L’impact des émotions sur l’intestin : le lien psyché-microbiote
Comment le stress et les émotions perturbent l’intestin ?
Chaque émotion – joie, colère, tristesse, anxiété – envoie un signal à l’intestin. En cas de stress, le corps libère du cortisol, qui altère la perméabilité intestinale (« intestin perméable ») et favorise la prolifération de bactéries pathogènes.
Exemples concrets :
- Une dispute peut déclencher des douleurs abdominales en quelques minutes.
- Un choc émotionnel peut provoquer une diarrhée ou une constipation en perturbant la motricité intestinale.
- L’anxiété chronique est associée à un risque accru de syndrome de l’intestin irritable (SII).
Histoire de patients par votre naturopathe à Mondavezan
Une personne est venue consulter à mon cabinet car elle se plaignait de maux de ventre réguliers avec des ballonnements et elle n'avaient pourtant rien changer à son alimentation et à son mode de vie.
Après lui avoir posé des questions nous avons constaté, que, contrairement à ses pensées la réalité était bien présente : sa fille, faisait cette année sa rentrée scolaire en 6ème. La jeune fille était stressée par les devoirs, les nouveaux cours, le nouveau rythme scolaire donc elle se sentait fatiguée et dormait mal. Cette mère se retrouvait à soutenir sa fille en la rassurant tout en étant elle-même inquiète pour elle.
Son "anxiété" a provoqué une dysbiose caractérisée par des ballonnements et une difficulté à digérer convenablement.
Dysbiose : quand l’intestin tire la sonnette d’alarme
La dysbiose désigne un déséquilibre du microbiote, caractérisé par :
- Une diminution des bonnes bactéries (Lactobacillus, Bifidobacterium).
- Une prolifération de bactéries pathogènes (E. coli, Candida).
- Une inflammation chronique de la paroi intestinale.
N'hésitez pas à consulter mon autre article complémentaire : L'interconnexion entre le cerveau et l'intestin
Conséquences de la dysbiose :
- Troubles digestifs (ballonnements, gaz, intolérances alimentaires).
- Fatigue chronique et brouillard mental.
- Dépression, anxiété et troubles du sommeil.
Étude clé :
Une recherche publiée dans Cell (2025) a montré que les personnes atteintes de dysbiose présentaient un risque multiplié par 3 de développer des troubles de l’humeur.
Comment restaurer l’équilibre intestin-cerveau ?

Alimentation : le carburant du microbiote
- Privilégiez les aliments prébiotiques (ail, oignon, poireau, banane) pour nourrir les bonnes bactéries.
- Consommez des probiotiques naturels (choucroute, kéfir, kombucha, yaourt maison).
- Réduisez les aliments pro-inflammatoires (sucre raffiné, gluten, produits laitiers industriels).
Gestion du stress et des émotions
Afin de réguler votre système nerveux vous pouvez pratiquer la cohérence cardiaque (5 mn par jour), la méditation pour réguler votre taux de cortisol ou des techniques pour exprimer vos émotion et éviter de les accumuler dans le corps.
Compléments naturels ciblés
Il est important de réparer la muqueuse intestinale en prenant par exemple de la Glutamine, des Omega 3 (anti-inflammatoire naturel) et/ou du curcuma pour protéger la barrière intestinale.
Naturopathie et approches holistiques
En tant que naturopathe à Mondavezan, je recommande une approche personnalisée :
Aromathérapie
Huiles essentielles de lavande ou camomille pour apaiser le système nerveux
Conclusion : l’intestin, miroir de notre âme
Les avancées scientifiques confirment ce que les médecines traditionnelles savaient depuis des siècles. L’intestin est le siège de notre santé globale. Nos émotions y laissent une empreinte, et son déséquilibre peut altérer notre bien-être mental.
En prenant soin de votre intestin, vous prenez soin de votre cerveau, de vos émotions et de votre vitalité. Et si la clé d’une vie équilibrée résidait dans notre ventre ?

Marie-Hélène Bonnet
"Si vous ressentez que vos émotions perturbent votre digestion, je vous accompagne en consultation pour rééquilibrer ce lien vital."
Consultations en ligne possible
(En Visio ou par téléphone)
Références scientifiques :
- Nature (2023) : « Gut-brain axis: how the microbiome influences mental health ».
- Cell (2025) : « Dysbiosis and mood disorders: a bidirectional relationship ».
- Université de Californie (2024) : « The role of serotonin in gut-brain communication ».
- Institut Pasteur : « Stress, microbiome and anxiety: new insights ».
Pour aller plus loin :
- Livre : « Le Charme discret de l’intestin » – Giulia Enders.
- Documentaire : « Microbiote, les fabuleux pouvoirs du ventre » (Arte).